La expedición, de 180 hombres, partió desde Panamá, donde los españoles habían hallado, en la costa del Pacífico sur, piezas de oro. Al mando de Francisco Pizarro, un hombre analfabeto y sin escrúpulos, de 49 años, quien se asoció con Diego de Almagro, quien se encargaría del abastecimiento militar y el cura Hernando de Luque, que colaboraría en el financiamiento.

Luego de dos intentos fallidos, llegaron a Cajamarca, ubicada al norte del imperio, en noviembre de 1532, en busca de nuevas riquezas. Allí, dos hermanos, Atahualpa y Huascar se disputaban el poder del imperio inca. Aprovechando esta situación los conquistadores avanzaron sobre el territorio e hicieron prisionero a Atahualpa, quien luego ordenó la muerte de su hermano que dominaba el sur del imperio.

Las condiciones que se establecieron para la liberación del inca, fueron la entrega de oro, consistente en llenar, hasta la altura de la mitad, una sala de 22 pies de largo y diecisiete de ancho; hecho que se cumplió y su promesa de convertirse al catolicismo.

Esta fue la cláusula más difícil de cumplir, ya que Atahualpa, no creyó que el libro que le mostraban, al que llamaban Biblia, contuviera la palabra divina, como se le aseguraba. Para comprobarlo, llevó a su oído el texto sagrado, expresando con ironía que no se escuchaba opinión alguna, tras lo cual, lo arrojó al piso. Este hecho determinó, o fue la excusa, para que se considerase justo darle muerte, ante semejante afrenta religiosa, lo que sucedió en enero de 1533, fecha en que los españoles entraron en Cuzco. Atahualpa fue condenado a morir quemado y el 26 de Julio de 1533 antes de ser ejecutado, Atahualpa aceptó ser bautizado, cambiándosele la pena de la hoguera por la de estrangulamiento. Su sucesor, fue el inca Manco Cápac, nombrado por Pizarro.

La conquista de Perú fue larga y difícil, contando los españoles con el apoyo de los huancas, etnia sometida y enemiga de los incas.

El nombre de Inca, como se conoce a este grupo aborigen, se refiere a la casta superior, que ejercía el gobierno en forma despótica, sin consultar a los súbditos. Por eso, no hubo resistencia de la población general a la dominación europea, una vez que la jerarquía incaica fue asesinada o dominada.

La nueva colonia estableció su capital en Lima, la Ciudad de los Reyes, en reemplazo de Cuzco, que era la capital del imperio incaico, pero que a los españoles les resultaba muy insegura, por su ubicación aislada. Lima permitía la comunicación con otras posesiones españolas, ya que se hallaba en la costa del Pacífico.

Los españoles, en posesión del actual territorio de Perú, con enormes riquezas en oro y plata, disputaron el mando, en encarnizadas luchas, donde Pizarro perdió la vida.

En 1534, el rey Carlos I, firmó capitulaciones, asignando parte del territorio a cada conquistador.

En 1544, se creó el Virreinato del Perú.

Luego de cuarenta años de dominación, Manco Cápac, luego de comprobar las verdaderas intenciones de los invasores, huyó con su gente, tras el asesinato de Túpac Amaru, en 1571, quien fue ejecutado por no confiar el virrey Toledo, en que el inca, que gobernaba Vilcabamba, lugar que se resistía a abandonar, no se rebelara contra los conquistadores.

Manco Cápac, buscó refugio en las sierras, construyendo fortalezas, que guardarían para las generaciones futuras, los restos de una cultura muy avanzada, dentro de las desarrolladas en América. La máxima expresión de esta reconstrucción de identidad, fue Machu Picchu.