Con la conquista española de un vasto sector del continente americano, la Corona española, a cuyo dominio fueron anexadas, debió establecer órganos de gobierno que regularan la vida colonial, y que fueran capaces de aplicar en un territorio distante de la Metrópoli, las órdenes y normas que emanaran de la misma.

Existían instituciones que gobernaban desde España, que eran el Rey, el Consejo de Indias y la Casa de Contratación y otras que residían en América, y que eran los Virreyes, los Adelantados, los Capitanes Generales, los Gobernadores, las Audiencias, los Cabildos y los Consulados.

Entre las españolas, el Rey era la máxima autoridad, tanto en España como en América, detentando el gobierno de un estado absolutista, o sea, que reunía en su persona, todos los poderes del estado. Hasta el año 1700, gobernó la dinastía de los Austrias y luego la de los Borbones.

Sin embargo, sólo en los primeros años posteriores a la conquista, el rey tuvo a su cargo directo los asuntos de las colonias, luego la mayoría de las tareas pasaron a ser desempeñadas por la Casa de Contratación de Sevilla, que también fue delegando atribuciones al Consejo de Indias, que finalmente, hacia el siglo XVII era la institución española con más poderes en América.

El Consejo de Indias proponía los candidatos a ocupar los cargos de virreyes, gobernadores u otros cargos importantes. Presentaba las propuestas de ley que luego eran evaluadas por el monarca quien decidía sobe la conveniencia de su aprobación.

Tenía además, funciones judiciales, interviniendo en grado e apelación, sobre las sentencias de montos elevados dictadas por las Audiencias. Tenía a su cargo el juicio de residencia que se aplicaba a virreyes, gobernadores, capitanes generales y otros funcionarios importantes, acusados ante el juez de residencia, comisionado que se trasladaba a las distintas ciudades de América con este fin, por abusos de poder o corrupción entre otras cuestiones, y también cuando finalizaban su mandato. El funcionario acusado debía permanecer en su puesto mientras duraba el proceso. Las penas a aplicar podían consistir en multas, confiscación de bienes o prisión.

Enviaba igualmente visitadores generales con funciones de supervisión y control. También le incumbía el ejercicio del Real Patronato, por concesión otorgada a los Reyes Católicos por el Papa Julio II, para ejercer en América funciones eclesiásticas.

La Casa de Contratación, tenía fines comerciales, regulando la actividad mercantil de las colonias. Regulaba el sistema de flotas y galeones, cobraba impuestos y actuaba como tribunal de comercio. A partir de 1583, el tribunal de comercio se independizó de la Casa de Contratación, y ésta compartió sus actividades con un nuevo organismo, el Consulado, ente gremial que conformaban poderosos comerciantes que regulaban el comercio con las Indias, de manera monopólica.

En América, la máxima autoridad eran los virreyes, representantes del rey, con poderes políticos, religiosos, militares y judiciales. En general, duraban tres años en sus funciones.

Los Capitanes Generales, ejercían todos los poderes pero en territorios de menores dimensiones, en los que se dividía el virreinato, llamados capitanías generales.

Los gobernadores, ejercían sus funciones en territorios aún más pequeños, las gobernaciones. Intervenían en grado de apelación en las decisiones de los Cabildos, que luego podían apelarse nuevamente ante la Audiencia. Reemplazaron a los Adelantados, durante el reinado de Felipe II.

Los Adelantados eran aquellos que habían conquistado las tierras para España, y que habían firmado con el rey una capitulación, acuerdo por el cual los gastos de la expedición quedaba a cargo de los conquistadores, recibiendo a cambio poderes políticos, militares y judiciales sobre los territorios conquistados.

Los gobernadores designaban como sus asistentes a los tenientes generales y a los tenientes de gobernador que se desempeñaban en ciudades que no eran cabeza de provincia.

Las Audiencias tenían funciones judiciales y estaban integradas por los oidores, prestigiosos hombres del Derecho, cuyas decisiones sólo podían ser apeladas ante el Consejo de Indias cuando se tratara de asuntos de importancia económica considerable. Entre otras funciones asesoraban y vigilaban a los virreyes en el cumplimiento de sus funciones. Las Audiencias se instalaban en las provincias mayores, que contaban con un gobernador-presidente, que presidía la Audiencia. Las provincias menores contaban sólo con un gobernador.

Existían las Audiencias virreinales, ubicadas en las capitales de los virreinatos, que eran presididas por el virrey. Las pretoriales, presididas por el gobernador y situadas en la ciudad cabecera de provincia y las subordinadas en otras ciudades.

Los Cabildos, gobernaban las más pequeñas unidades administrativas, las ciudades, y el ámbito rural que las rodeaba. Las ciudades sin Cabildo no tenían existencia política. Eran instituciones integradas por vecinos, considerándose como tales, los que tenían casa poblada en la ciudad. La formaban los alcaldes, uno o dos, con funciones judiciales, los regidores con atribuciones militares, el alférez real, que representaba a la ciudad en las ceremonias públicas y el alguacil mayor con poder de policía.

Entre las autoridades residentes en América no había una jerarquía, sino un equilibrio de funciones que eran autónomas pero a su vez interdependientes entre sí.