El 15 de julio de 1821, se juró en Lima la independencia peruana, proclamada por José de San Martín en la Plaza de Armas, el 28 de julio. Sin embargo en la Sierra Central y en el Sur los realistas seguían como dueños del territorio. La liberación definitiva del territorio peruano fue merced a la acción de Bolívar, que al mando del ejército de la Gran Colombia, necesitaba terminar con la amenaza realista que existía en ese lugar.

Una vez lograda la independencia peruana de los españoles, un grupo de peruanos influyentes decidió que también era momento de emanciparse de la influencia de la Gran Colombia y aprovecharon el alejamiento circunstancial de Bolívar de Lima, en 1826, para cumplir su propósito, que era además, el de sumar a su estado, el territorio de la nueva República de Bolivia, el Departamento de Azuay y a la ciudad de Guayaquil.

En 1827, la presidencia del Perú fue ejercida por el general José de La Mar, y éste concretó las aspiraciones anteriores. El 3 de julio de 1828, Simón Bolívar, ante esta actitud expansionista, declaró la guerra a los peruanos. Tras ser infructuosos los acuerdos por vía diplomática, realizados por Daniel Florencio O´Leary, Ministro Plenipotenciario, cuyos poderes fueron rechazados por Perú.

Este último país, armó dos ejércitos, uno con destino a Bolivia, y otro hacia Ecuador.

Loja fue tomado por las fuerzas de la Mar, el 28 de noviembre de 1828, con 5.000 hombres. Allí reforzó sus tropas con 3.700 efectivos, aportados por el general Agustín Gamarra, y luego se apoderó del departamento de Azuay, y de Guayaquil.

Antonio José de Sucre que había renunciado a la presidencia de Bolivia, se dirigió a Quito, para ponerse al mando de las tropas, cuyo cargo había adquirido el 27 de enero de 1829, y unir sus fuerzas a las del gobernador de Ecuador, Juan José Flores, que contaba con 4.700 hombres, estableciéndose en las proximidades de Cuenca, localidad que también había sido ocupada por los peruanos.

Primero se produjeron las batallas de Saraguro, Oña, Nabòn, Girón, Narancay y luego el 27 de febrero de 1829, en el Portete de Tarqui, donde se había apostado el general Flores (Bolívar estaba en la llanura de Tarqui, al norte). Ëste fue el escenario de un encuentro decisivo, donde al principio predominó la confusión, luchando en ciertos momentos batallones del mismo bando, entre sí. Pero la mejor organización y la lucha conjunta favorecieron el triunfo de la Gran Colombia, formada por los batallones Cedeño, que iba a la vanguardia, comandado por el coronel José María Camacaro, seguido por el Rifles, el Caracas, el Quito y el Yaguachi, que completaban las tropas. El ejército peruano no logró unidad en sus batallones Pichincha y Sepita, que fueron vencidos en forma separada.

El saldo fue de mil quinientos muertos y casi la misma cantidad de heridos para los peruanos, mientras los ecuatorianos no alcanzaron ni al 20 % de esa cifra.

El Tratado de Girón, firmado por el General Flores y Daniel Florencio O´Leary por Colombia; y Garamarra y Orbegoso, por el Perú, impuso a Perú la renuncia de los territorios ocupados, pero el problema más grave era Guayaquil que La Mar se negaba a devolver.

La cuestión se resolvió cuando asumió el poder Agustín Gamarra por un golpe de estado que derrocó a La Mar. Guayaquil fue entregada el 20 de julio, y el Tratado firmado en Guayaquil del 22 de septiembre de 1829, estableció una comisión mixta para fijar los limites definitivos. El conflicto no se decidió totalmente ya que al poco tiempo la Gran Colombia se disolvió, sin precisar las líneas divisorias definitivas.