A pesar de la conquista y exterminio impuesto por la cultura europea a los aborígenes americanos, estos lograron replegarse al sur del territorio argentino, hacia la Patagonia y la Pampa, estando constituidos por las tribus pampas y mapuches, que reunían alrededor de 30.000 hombres, que habían abandonado sus prácticas nómades.

Los ataques de los aborígenes eran continuos en forma de malones, que asediaban los fortines, que limitaban el paso de los aborígenes más allá de esas líneas, sobre todo con fines de caza.

A fines de siglo XVIII, la línea divisoria entre el territorio de los indígenas y el de los conquistadores estaba establecida por el río Salado

Antes de abandonar el poder, como gobernador de Buenos Aires, Juan Manuel de Rosas, en 1833, organizó una expedición para conquistar los territorios aborígenes ubicadas al norte del río Negro, con colaboración de varias provincias y del gobierno chileno, pero este finalmente no accedió. Como comandante en jefe, fue designado Facundo Quiroga, quien se hallaba enfermo y por eso no puso gran entusiasmo en la empresa. Ésta quedó a cargo de Juan Manuel de Rosas, cuando la columna central, al mando de Ruiz Huidobro, y la occidental a cargo de Aldao, fracasaron por la falta de recursos. Rosas, también contaba con pocos recursos, pero igual continuó avanzando, hasta llegar el 10 de mayo al río Negro, y a fines de ese mes a Choel-Choel, pero sin consolidar sus logros.

Con la caída de Rosas, el cacique Calfucurá, nombre que significa Piedra Azul, que había nacido en Laima (Araucania chilena) y que desde 1835 ostentaba el cargo de jefe de un número de aborígenes, comenzó a asolar las estancias en busca de ganado. Su poder se mantuvo hasta 1872, en que sufrió una terrible derrota y falleció un año más tarde, siendo sucedido por Namuncurá su hijo mayor, en un momento en que era muy difícil sostenerse en la lucha contra los invasores, y veremos que debió rendirse al coronel Conrado Villegas.

Durante el gobierno de Nicolás Avellaneda, su ministro de Guerra, Adolfo Alsina, presentó en 1875, un proyecto donde se avanzaría sobre los territorios ocupados, estableciendo poblados. Primero se ocuparía Puán, para luego hacer lo propio con Carhué, Guaminí y Trenque Lauquen, uniéndose todos estos puntos con un zanjón que impediría pasar a los indios.

Esta propuesta que incluía negociaciones con los aborígenes, fue rechazada por Roca, al mando de la frontera oeste, pues le parecía una empresa costosa e inútil ya que él tenía la idea de exterminar a la población autóctona, dirigiéndose hacia sus bases. Se impuso el plan de Alsina y se firmó un tratado con los indígenas, que estos no cumplieron cuando los caciques Juan José Catriel y Namuncurá atacaron con carabinas y revólveres loas poblaciones de Tandil, Azul y Tres Arroyos. Esto le dio ocasión a Alsina para atacar y establecer el límite proyectado, lo que se concretó el 11 de abril de 1876.

Ese fue el origen de la zanja de Alsina, que se estableció como límite para evitar que los malones arrasaran los campos y hurtaran el ganado. El proyecto de la zanja estuvo a cargo de varios ingenieros europeos y cumplía una función de protección contra el robo de ganado.

La labor de Alsina, luego de su deceso ocurrido en 1877, fue continuada por su sucesor, Julio Argentino Roca, pero de un modo mucho más agresivo. Choel-Choel fue entregada sin ofrecer resistencia. Con 6.000 hombres, a caballo y dotados de buen armamento, desde julio de 1878, Roca hostigó a los habitantes del sur capturando cuatro caciques, dando muerte a 1.250 indios, y tomando 3.000 prisioneros.

En el mes de octubre de 1878, se dictó una ley que establecía la Línea de Frontera. Dicha norma autorizaba al Poder Ejecutivo a realizar una inversión de 1.600.000 pesos fuertes, para fijar la línea fronteriza en la margen izquierda de los ríos Negro y Neuquén luego de someter a los indios “bárbaros” de la Pampa. Ese monto de dinero se recaudaría del producto de las tierras incorporadas como públicas al patrimonio nacional. Sobre esos territorios se emitirían 4.000 títulos, que darían derecho de propiedad sobre 1 legua de terreno.

La segunda campaña de Roca se realizó en abril de 1879, llegando hasta el Río Negro.

En 1881, estando Roca en el mando presidencial, encargó la misión al coronel Conrado Villegas, con el fin de incorporar la zona al sur del río Negro. Villegas, en poco tiempo se apropió de la provincia de Neuquén, donde se rindió el cacique Namuncurá, hijo y sucesor de Calfucurá, llegando hasta el río Limay. La provincia de Chubut, bajo el liderazgo de los caciques Foyel e Inacayal, también depusieron sus precarias armas.

Fueron 15.000 leguas territoriales, arrancadas a los legítimos dueños de la tierra, como ya se había hecho con el resto de América. Se habló de campaña al desierto, cuando estaba poblada por una cultura diferente, pero no por eso inferior y se usó el término limpiar como si los aborígenes fueran estiércol. Aún hoy los aborígenes esperan una justa reivindicación a sus derechos.