Ecuador integró, luego del año 1739, el virreinato de Nueva Granada, dejando de pertenecer al virreinato del Perú, del que había formado parte desde 1614. Estaba integrada por cuatro regiones, bastante autónomas, que no eran proclives a reconocer la autoridad del gobierno de Quito. La Sierra Norte, con su centro en la ciudad de Popayán, la Sierra Centro en torno a Quito, la Sierra Sur, bajo la influencia de la ciudad de Cuenca y la Costa centro ¬ sur, con epicentro en Guayaquil.

Las nuevas ideas liberales surgidas a partir de la revolución francesa de 1789, hicieron nacer en la sociedad ecuatoriana los ideales de independencia al igual que en el resto de las colonias españolas en América. En 1791, el Dr. Francisco Eugenio de Santa Cruz y Espejo, creó la Sociedad Patriótica de Amigos del País, para fomentar el progreso y la libertad de su patria.

La casa de doña Manuela Cañizares, fue el escenario donde un grupo de patriotas organizó la Junta Soberana de Quito, apoyados por las fuerzas militares, a réplica de la Junta Central de Sevilla en España, para gobernar en nombre del rey español, cautivo de los franceses, como paso previo a su secesión. Presidía el organismo Juan Pío Montúfar Larrea, segundo marqués de Selva Alegre.

Era el 9 de agosto de 1809, y fue el primer grito de liberación que escuchó el terruño ecuatoriano, que ahora tenía un gobierno propio, aunque se constituía mientras recuperara el poder Fernando VII, y en contra de los enemigos, especialmente franceses. La Junta se atribuyó el derecho de deponer a la Audiencia, cuyo Presidente, don Manuel de Urriez, conde Ruiz de Castilla, recibió al día siguiente un oficio, notificándole que había sido depuesto en su función.

Sin embargo, la vida de la Junta fue efímera (sólo tres meses) ya que pronto reaccionaron los realistas, organizando sus tropas conjuntamente los virreinatos del Perú y Nueva Granada, y retomando el poder. Además, salvo en Guayaquil y Cuenca, la Junta no contó con el apoyo del interior. Esta primera etapa recibió el nombre de revolución quiteña. No tuvo éxito, y a fines de 1809, los dirigentes revolucionarios fueron condenados a muerte, destierro o prisión, cuando el virrey de Lima envió tropas al mando de Arredondo, quien ocupó el territorio e impuso un gobierno despótico.

Pero la semilla de la revolución ya había prendido, y a semejanza de la toma de la Bastilla francesa, los patriotas volvieron al ataque, y el 2 de agosto de 1810, asaltaron las prisiones, para liberar a los presos del opresor gobierno español, y provocaron un caos generalizado, pero sin lograr su propósito. Una centena de muertos, fue el saldo de la heroica, pero temeraria acción. Sin embargo, tuvo un resultado positivo: se reunió una Asamblea el 4 de agosto con fines de pacificación.

Instituida una Junta Superior de Gobierno, bajo la presidencia de Ruiz de Castilla y bajo la subordinación del Consejo de Regencia, se inició un nuevo período de lucha esta vez conformando un ejército, que se dividió en tres direcciones. Al mando de Carlos Montúfar, las tropas tomaron rumbo al Sur, Pedro Montúfar, tío del anterior, se dirigió al norte, y el inglés Stevenson, hacia Esmeraldas.

El 11 de diciembre de 1811, el Congreso Constituyente declaró la liberación de España, y dictó su primera Constitución. Todos los esfuerzos fueron vanos, ya que los realistas al mando de Toribio Montes, logró recobrar Quito el 8 de noviembre de 1812. Así finalizó esta primera etapa, conocida como Revolución quiteña.

El 9 de octubre de 1820, en Guayaquil, se inició la segunda etapa independentista, cuando los patriotas destituyeron a los realistas, pero ahora con más fuerza y unidad. Las circunstancias eran otras: La batalla de Boyacá en 1819, había permitido la liberación de Nueva Granada. Gracias a la proeza sanmartiniana, Argentina y Chile ya eran libres y se preparaba la conquista de Perú.

Constituida una nueva Junta de Gobierno, que declaró la libertad de España, aún faltaba el acuerdo sobre si se organizarían como estado independiente o se anexarían a Perú, o a la Gran Colombia.
La zona de la sierra, sin embargo volvió a ser tomada por los españoles. En mayo de 1821, Bolívar envió al general Sucre, con el fin de liberar la Real Audiencia de Quito, para anexarla a la Gran Colombia, pero el intento tuvo resultado negativo.

El 24 de mayo de 1822, se produjo la batalla de Pichincha, donde Sucre logró entrar a Quito en forma triunfal, anexándose el territorio a la Gran Colombia, al que luego se agregó Guayaquil.
En 1830, Ecuador logró conformarse como estado independiente, siendo su primer mandatario el general venezolano Juan José Flores.

El 23 de septiembre de 1830, se reunió la Asamblea Constituyente. El nuevo país dictó su constitución dividiendo su territorio en tres departamentos: Cuenca, Quito y Guayaquil.