El conflicto territorial entre estos países se basa en distintas argumentaciones por el cual cada uno de ellos se atribuye el dominio sobre extensos territorios selváticos comprendidos al sur del río Putumayo, en el Amazonas.

Cuando los países americanos luego de su independencia de España, demarcaron sus fronteras lo hicieron teniendo en cuenta la posesión efectiva de los territorios a 1810, a fin de adquirirlos como propios. Por Real Cédula de 1802, el Virreinato de Perú, obtuvo la devolución de la provincia de Maynas, extendiéndose su dominio casi hasta Quito. Ecuador negó valor a esta Real Cédula y argumentó que la Audiencia de Quito, establecida en 1563, llegaba hasta el río Amazonas. Sin embargo, este poco claro principio tenía un no menos claro inconveniente: la propiedad de la zona inhóspita y no apropiada de la selva amazónica.

En 1828 estalló un conflicto armado por el tema territorial entre Perú y la Gran Colombia, seguido de varios tratados de paz. En 1859 los enfrentamientos continuaron.

La intervención del rey de España como árbitro para la solución del conflicto, propuesto a fines del siglo XIX, finalmente fracasó.

En 1941 hubo un nuevo enfrentamiento cuyo resultado favoreció en las armas a Perú.
El perjudicado de esta disputa resultó ser Ecuador, que por el Protocolo de Río de Janeiro, suscripto el 29 de enero de 1942 debió reconocer las pretensiones peruanas. Según Ecuador ese tratado adolece de errores geográficos, ya que en él se menciona una divisoria de aguas entre los ríos Zamora y Santiago. Sin embargo las divisorias de agua son dos: una entre los ríos Zamora y Cenepa y otra que se genera entre los ríos Cenepa y Santiago. Se alude también como divisoria de aguas entre los ríos Zamora y Cenepa a la línea de las altas cumbres de la cordillera El Cóndor, lo que para el país en cuestión, no es certero.

En 1945 se nombró como árbitro al brasileño Bras Dias de Aguiar, quien decidió que sería la Cordillera del Cóndor con sus más altas cumbres la que dividiría a ambos estados.

El levantamiento cartográfico del río Cenepa recién fue posible en 1947, cuando se obtuvo el primer mapa por una fotografía aérea de la zona.

Ante estos problemas el gobierno ecuatoriano entre los años 1949 y 1959 solicitó la designación de una Comisión que realizara una relevación de la realidad geográfica de la zona cuestionada, pero no fue escuchado por Perú. Otros países americanos, como Brasil, Argentina, Estados Unidos y Chile sugirieron la designación de el Interamerican Geodesic Survey, para realizar esta investigación pero Perú se mostró siempre reticente.

Desde 1981 los combates en la zona Zamora-Santiago se hicieron frecuentes.
En 1995 se produjo la batalla de Cenepa, cuando los peruanos hallaron tres puestos al oeste de la cordillera del Cóndor ocupado por ecuatorianos: Tiwinza, Base Sur y Cueva de los Tayos. Fueron cinco semanas de enfrentamientos armados, donde sólo Tiwinza permanecía en manos ecuatorianas. Culminó con un tratado de paz celebrado en Itamaraty, Brasil, aunque las luchas y ocupación de territorios continuaron, sobre todo para la recuperación de Tiwinza por los peruanos.

Los mismos países que se habían constituido en garantes del Protocolo de Río de Janeiro de 1942, fueron los encargados de dirimir el conflicto, quienes ratificaron lo establecido en ese acuerdo, el 24 de octubre de 1998, llamado acuerdo de Brasilia. Se reafirmó que las altas cumbres de la Cordillera del Cóndor eran la línea fronteriza entre ambos países. La región de 20 Km², pertenecientes a la región de Tiwinza quedó en poder de Perú, aunque reconociéndose un pequeño sector de 1 km², de ese territorio para que Ecuador disponga de él, para realizar ceremonias de culto por existir allí un cementerio ecuatoriano de caídos de guerra. La soberanía de esa zona era de Perú.

Ecuador logró ratificar su derecho a la libre navegabilidad del río Amazonas, que ya había obtenido en 1942, y obtuvo la autorización para establecer en sus orillas dos embarcaderos comerciales. Se determinó la creación de dos parques ecológicos, uno de Perú y otro de Ecuador. Los presidentes Alberto Fujimori (Perú) y Jamil Mahuad (Ecuador) suscribieron el acuerdo, iniciándose un período de gran acercamiento, sobre todo en materia comercial.